Het eerste kristelijke kerkje te Baaigem zal vermoedelijk, zoals de meeste gebouwen voor de 10de eeuw, in hout opgetrokken geweest zijn door de Sint-Pietersabdij als beloning voor bewezen diensten. Slechts na die schenking werd de toenmalige kerk door een stenen gebouw vervangen.Nu zijn er in de 13de eeuw en volgende geregeld min of meer grote veranderingen aangebracht, waarvan ons zeer weinig nauwkeurige gegevens zijn overgebleven. Tijdens de 14de eeuw kwam de kerk onder bescherming van de Franse abdij van Anchin en deze voorzag de kerk van een toren. Het is echter pas in de 15de eeuw dat er regelmatig rekeningen omtrent herstellingen kunnen aangetroffen worden in het oude abdijarchief van Anchin. Zoals voor de meeste kerken van het oude land van Aalst, is de 16de eeuw uiterst noodlottig geweest voor de kerk van Baaigem. Vermoedelijk moet de zuidermuur van de middenbeuk het in die periode begeven hebben,want wij weten dat die muur sedert die tijd uit kareelsteen is opgetrokken. Reeds in de 13de eeuw moet de kerk te klein geworden zijn, want zij werd toen met zes meter verlengd.
Die verlenging is thans nog steeds duidelijk in de noorder muur waar te nemen. Einde mei 1913 waren de werken aan de nieuwe kerk volledig beëindigd. Korte tijd na de inwijding van de nieuwe kerk werd ook het nieuwe kerkhof ingewijd. Immers de nieuwe kerk was gebouwd op de grond van het oude kerkhof zodat er moest uitgezien worden naar een nieuwe dodenakker. Eigenaardig was de eerste persoon, die op het nieuwe kerkhof werd begraven, de echtgenote was van de oude eigenaar van de grond. Zij was toen de oudste inwoner van Baaigem, 96 jaar. Aan die nieuwe dodenakker was echter een schaduwzijde verbonden.
Ten gevolge van de uitbreiding van de begraafplaats kwam de pastorie op het kerkhof te staan dit in tegenstelling met vroeger toen er voor de pastorij een straatje lag dat uitliep op de openbare fontein .In het begin van de 15de eeuw sprak men van “het straetkin daer ’t fonteynken staet” .Eeuwenlang was dit straatje het drukst belopen straatje van de hele parochie want daarlangs leidde men het vee naar de openbare drinkplaats. Het werd voor het laatst blootgelegd en gekuist door wijlen pastoor Henri Gabriels. Die man hanteerde immers de wichelroede, zoals weinigen dat kunnen, en reeds na enkele stappen ontdekte hij op de boomgaard het oude bronnetje.
In 1980 dienden de kerk en de toren opnieuw hersteld te worden. De werken begonnen in december 1983 en werden beëindigd in 1988.
